Triết học không đóng vai trò quan trọng trong văn hóa La Mã, ngoại trừ chủ nghĩa khắc kỷ vì trường phái này nhấn mạnh về đạo đức cũng như việc thực hiện nghĩa vụ của mỗi người.[46] Sau khi đế chế Tây La Mã sụp đổ vào khoảng thế kỷ thứ 5 Công nguyên, Giáo hội trở thành thế lực thống trị ở Tây Âu trong suốt 1000 năm sau đó. Thời kỳ này còn được gọi là "Thời kỳ Đen tối" hoặc "Đêm trường Trung cổ" khi Giáo hội giữ vị trí độc tôn về học thuật; triết học cùng với những di sản văn hóa kế thừa từ Hy Lạp và La Mã lúc này cũng nằm trong đống tro tàn của thành Rome.[46]

Triết học đóng một vai trò mờ nhạt vào thời Trung Cổ, khi Cơ Đốc giáo hay Kitô giáo mới đang là những tư tưởng áp đảo.[47] Sự tìm kiếm minh triết hay sự cứu rỗi giờ đây sẽ được thực hiện nhờ Chúa chứ không phải dựa vào chính bản thân và lý tính của mỗi con người, điều này là "phi triết học", hay thậm chí là "phản triết học", theo chữ của tác giả Luc Ferry.[48] Câu trả lời cho những câu hỏi về bản chất của vũ trụ hay thế nào là một cuộc sống đức hạnh giờ sẽ được tìm kiếm trong Kinh Thánh; chúng không còn là chủ đề cho những tranh biện triết học nữa.[46] Nhiều tác giả thời kỳ này cũng tìm kiếm những giải thích duy lý để chứng minh cho sự tồn tại của Chúa cũng như sự bất tử của những linh hồn.[46]

Thánh Augustine thành Hippo

Thánh Augustine thành Hippo, bức vẽ của Philippe de Champaigne.

Thánh Augustine là một trong những triết gia Cơ Đốc giáo đầu tiên của thời kỳ này. Điều thú vị là ông không được sinh ra trong một gia đình có đạo và sở hữu một lối sống không mấy mẫu mực và lành mạnh trước khi ông đọc được một đoạn Kinh Thánh khi ngoài ba mươi tuổi.[49] Kể từ đó, ông cải theo đạo và lui về tu viện, dâng trọn đời mình để viết những tác phẩm về Cơ Đốc giáo.[50] Những tác phẩm của Augustine để lại những ảnh hưởng sâu rộng hiếm ai sánh bằng đến nền toàn triết học Cơ Đốc giáo.[51]

Một trong những ám ảnh lớn nhất của ông là làm thế nào có thể dung hòa được giữa tính toàn thiện của Chúa với sự tồn tại của cái ác.[49] Augustine bị vướng vào lập luận: Chúa đã tạo ra tất cả mọi thứ và, cái ác thật sự hiển hiện và tồn tại trong thế giới này, vì vậy mà Chúa hẳn cũng đã tạo ra cái ác.[49] Câu trả lời của Augustine cho câu hỏi hóc búa này là cái xấu thực chất không phải là một thứ tự nó hiện hữu, mà đó chỉ là sự vắng mặt của cái tốt (Augustine đã mượn cách nghĩ này từ Plato và những môn đệ của ông).[51] Với lập luận này thì một kẻ trộm không phải là một người xấu; đó là một người thiếu lương thiện.[51] Và nếu cái ác không tự thân tồn tại thì Chúa đã không tạo ra cái ác.[49]

Những vẫn còn một câu hỏi nữa cho ông, đó là tại sao Chúa, ngay cả khi Ngài không trực tiếp tạo ra cái ác, lại tạo nên một thế giới mà cái ác có thể cư ngụ và sinh sôi.[51] Thánh Augustine lấy lý trí con người làm trọng tâm để trả lời cho câu hỏi này.[51] Ông lập luận rằng, để Chúa có thể tạo ra những sinh vật có lý tính như con người, Ngài phải ban cho chúng sự tự do ý chí. Và sự tự do đó có nghĩa là con người có thể tư duy và lựa chọn những hành động cho mình, bao gồm cả lựa chọn giữa cái tốt và cái xấu. Và vì lý do này, Chúa phải để ngỏ khả năng rằng con người có thể lựa chọn cái xấu thay cho cái tốt.[51]

Sau Augustine, hầu hết những triết gia Cơ Đốc giáo khác cũng giải quyết vấn đề về cái ác theo hướng tiếp cận của ông. Vẫn có những ý kiến hay những tư tưởng đối nghịch với cách giải quyết của ông, và tất nhiên, những người không tin tưởng vẫn có thể nói rằng: sự tồn tại của cái ác là bằng chứng cho thấy không có một Chúa nhân từ nào cả. Nhưng với những người có đức tin, câu trả lời mà Augustine mang đến hẳn vẫn có giá trị.[51]

Các triết gia Hồi giáo: Avicenna và Averroes

Avicenna

Bản dịch tiếng Latinh tác phẩm Y điển của Avicenna.

Một trong những triết gia Hồi giáo có ảnh hưởng lớn nhất trong thời kỳ này là Ibn Sina hay Avicenna.[52] Ông sinh tại vùng đất gần Bokhara và học tinh thông logic học, toán học, vật lý học, y học và siêu hình học đến mức ông xuất bản bách khoa thư về những ngành học này khi chỉ mới hai mươi tuổi.[52] Kiến thức về ngành y của ông sâu rộng đến mức ông được bổ nhiệm làm ngự y cho những nhà cầm quyền vùng Isfahan còn tác phẩm Y điển của ông thì trở thành khuôn mẫu trong ngành này trong suốt bảy thế kỷ sau đó.[53]

Avicenna tiếp thu những ý tưởng triết học của Aristotle nhưng cũng đưa ra những phát triển và kiến giải của riêng mình.[54] Một trong những khác biệt lớn nhất của họ đó là khi nói về mối quan hệ giữa thể xác và tinh thần.[53] Trong khi Aristotle tin rằng cơ thể và tinh thần của loài người (và một số loài động vật khác) không tác rời nhau mà là một khối thống nhất thi Avicenna lại cho rằng thể xác và tinh thần là hai bản thể tách biệt nhau, việc tách biệt này đặt ông vào hàng ngũ những nhà triết học theo phái "nhị nguyên luận."[53]

Avicenna chứng minh quan điểm của mình bằng thí nghiệm tưởng tượng "Người Bay".[55] Ông yêu cầu mỗi người hãy tưởng tượng mình như một đứa trẻ vừa mới sinh ra nhưng đã có sẵn trí tuệ và tư duy của một người trưởng thành; sau đó, nếu chúng ta được thả lơ lửng trong không trung, không có trọng lực và tứ chi của ta cách xa nhau thì ta sẽ không thể chạm được vào vật gì, như vậy thì ta sẽ hoàn toàn không có bất cứ cảm giác cơ thể nào cả. Nhưng chắc chắn ta vẫn biết một điều, đó là "ta" vẫn đang tồn tại. Và Avicenna lập luận rằng: "cái ta" hay "cái tôi" đó hiện hữu nhưng nó không thuộc vào bất cứ phần nào trên cơ thể và cũng không thể chứa đựng trong bất cứ phần tử vật chất nào. Và từ đó mà ông đưa ra kết luận của mình rằng: thể xác và tinh thần hẳn phải hoàn toàn tách biệt và khác nhau về bản chất.[55]

Mối quan hệ giữa tinh thần và thể xác vẫn sẽ còn được lặp lại nhiều lần trong triết học và ta sẽ sớm thấy Descartes cũng có những lập luân của mình để chứng minh sự tách biệt của lý trí và cơ thể (khá thú vị là chúng cũng có phần tương đồng với Avicenna).[56] Tuy vậy, với sự phát triển của khoa học, đặc biệt là khi những hiểu biết về bộ não và sự hình thành ý thức ngày càng gia tăng, quan điểm rằng "ý thức" tách biệt hoàn toàn khỏi "cơ thể" hẳn cũng khó đứng vững.[56]

Averroes

"Muhammad Tông đồ của Chúa", được khắc trên cánh cổng của nhà thờ Hồi giáo Al-Masjid an-Nabawi.

Averroes sinh năm 1126 trong một gia đình với truyền thống làm luật sư và thẩm phán; không có nhiều thông tin về học vấn của ông. Tầm quan trọng của Averroes trong triết học được gắn với những bình chú của ông cho các tác phẩm của Aristotle.[57] Những bình chú của ông sau này được dịch sang tiếng Latinh và lưu truyền trong thế giới Trung cổ phương Tây. Chúng đã tạo được tiếng vang và có ảnh hưởng lớn lên nhiều nhà tư tưởng lớn ở thế kỷ 13, chẳng hạn như Thomas Aquinas. Trong nhiều thế kỷ, những học giả Aristotle tôn vinh và gọi ông là Nhà chú giải duy nhất cho Aristotle.[58]

Averroes cũng nói về mối quan hệ giữa triết học và tôn giáo. Trong thế giới đạo Hồi, tất cả mọi người đều cần được đọc và tiếp thu những lời giảng từ nhà tiên tri Muhammad. Theo Averroes, những người tin tưởng đơn thuần và không được đào tạo thì chỉ có thể hiểu được nghĩa ngôn từ của câu chữ của Thánh điển như được giảng giải bởi thầy giáo họ.[58] Nhưng những triết gia chân chính thì có thể sử dụng triết học để lập luận và mở ra chân lí bên dưới lớp màn của những ngôn từ đơn thuần.[58] Một số đoạn trong kinh Koran có vẻ sai về mặt câu chữ nhưng Averroes tin rằng: chúng có thể được diễn giải nếu sử dụng triết học, và nhờ vậy mà chân lý thực sự mới có thể hiển lộ.[59] Đáng tiếc rằng, học thuyết của ông sau này lại bị hiểu lầm thành: có những điều đúng trong Thánh kinh nhưng không đúng trong triết học và ngược lại (gọi là thuyết "Hai sự thật"); và điều này cũng ít nhiều làm ảnh hưởng đến danh tiếng của Averroes về sau.[58]

Thomas Aquinas

Các học giả thời Trung Cổ cho rằng các công trình của Aquinas (ở giữa) có thể sánh ngang với Aristotle (bên trái) và Plato (bên phải), và hơn hẳn Averroes, người đang nằm dưới chân ông.

Thomas Aquinas được coi là một trong những triết gia Cơ Đốc nổi tiếng và có ảnh hưởng nhất trong suốt thời Trung Cổ. Aquinas để lại cho nhân loại một di sản đồ sộ: các tác phẩm của ông có tổng cộng 8,686,577 chữ.[60] Một trong số những tác phẩm nổi tiếng nhất của ông là Summa Theologiae ("Tổng luận Thần học") với hơn 1,500,000 chữ, có chủ đề xoay quanh triết học và thần học.[60] Tháng 12 năm 1273, nhiều tín đồ Công giáo tin rằng, ông đã có một trải nghiệm siêu nhiên với Chúa; sau khoảnh khắc đó, ông không bao giờ viết thêm một thứ gì nữa. Khi người đồng tu Reginald xứ Piperno thuyết phục Aquinas quay trở lại làm việc, ông trả lời: "Những gì tôi viết giờ chỉ giống như một sợi rơm nếu so với những gì tôi thấy mà thôi" (mihi videtur ut palea).[61] Aquinas vĩnh viễn trở về với Chúa ba tháng sau đó.

Một trong những ý tưởng nổi tiếng nhất gắn với Thomas Aquinas là cách ông chứng minh Chúa thực sự tồn tại. Ông đưa ra năm lập luận của mình, được gọi là Năm con đường để khẳng định cho sự tồn tại của Chúa, đó là:

1. Lập luận bằng chuyển động: Trong thế giới này luôn tồn tại những chuyển động. Sự chuyển động hay biến đổi của một sự vật này phải được gây ra bởi sự tác động của một sự vật khác. Nhưng chuỗi này không thể kéo dài vĩnh viễn và do vậy, vào giai đoạn tiên khởi phải có một tác nhân chuyển động mà không bị tác động bởi sự vật khác. Đó chính là Chúa.[62] [63]
2. Lập luận bằng nguyên nhân: Mọi thứ xảy ra đều có nguyên nhân. Một vật không thể là nguyên nhân của tự nó vì như vậy thì chính nó phải tồn tại trước đó, và điều này dẫn đến mâu thuẫn; chính vì vậy, mọi sự kiện đều có nguyên nhân nằm trước đó. Tuy nhiên chuỗi này không thể kéo dài vĩnh viễn, do vậy phải có một nguyên nhân đầu tiên mà không được gây ra bởi bất cứ thứ gì khác. Đó chính là Chúa.[62][63]
3. Lập luận bằng tính tất yếu: Mọi thứ đang tồn tại hẳn đều có một giai đoạn không tồn tại vào một thời điểm nào đó trong quá khứ. Vậy có thể sẽ tồn tại một giai đoạn mà không có một thứ gì tồn tại, tuy nhiên điều này rất phi lý. Chính vì vậy, hẳn phải có một thứ đã tồn tại mà tất cả mọi thứ khác đều phụ thuộc vào. Đó chính là Chúa.[62][63]
4. Lập luận bằng sự so sánh: Chúng ta có thể so sánh phẩm chất của nhiều sự vật khác nhau trong thế giới này, chẳng hạn như vật đó tròn hay méo, nóng hay lạnh, sinh vật này khỏe mạnh hay ốm yếu,...Để có thể so sánh như vậy, hẳn phải tồn tại một thước đo chuẩn mực và hoàn hảo hơn tất cả. Đó chính là Chúa.[62][63]
5. Lập luận bằng mục đích hoặc sự kiến tạo: Chúng ta có thể quan sát thấy những vật không có lý trí hành xử theo những cách giống nhau và có thể dự đoán được. Điều này không thể do tự chúng quyết định vì chúng không có lý trí. Do vậy, hành vi của chúng phải được "cài đặt" bởi một thực thể khác, và thực thể này có trí tuệ. Đó chính là Chúa.[62][63]

Thomas Aquinas được tuyên thánh vào năm 1323. Ngày nay, những tác phẩm phi thường của ông đang dần được khám phá trở lại, kể cả bởi những triết gia thế tục.[64]